Le cycle des études doctorales est organisé dans les centres des études doctorales. L’Université Abdelmalek Essaadi a accrédité cinq centres d’études doctorales couvrant les Champs disciplinaires de l’Université, comme suit: (Voir les Formations Doctorales Accréditées)
1. Centre des Sciences et Techniques de l’Ingénieur: FST et ENSA Tanger et FPL
2. Centre des Sciences et Technologies: FS, ENSA Tétouan et l'ENS
3. Centre de Droit, Economie et Gestion: FSJES Tanger, ENCG et FSJES Tétouan
4. Centre des Lettres, Sciences Humaines et Traduction: FLSH, ESRFT et l'ENS
5. Centre (الدراسات العقدية والفكرية): FLT et FOD